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福建省水利厅是福建省政府职能部门，负责贯彻执行国家有关水利工作的法律法规和方针政策，结合福建省实际，拟定全省水利工作的方针政策、发展战略和中长期规划，组织起草有关法规，经批准后监督实施。
主要职能
统一管理全省水资源(含空中水、地表水、地下水)。组织拟定 全省和跨市(地)水中长期供求计划、水量分配方案并监督实施;组织有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作;组织实施取水许可制度和水资源费征收制度;发布全省水资源公报;负责管理全省水文工作。
拟定节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导和监督全省节约用水工作。
按照国家和省有关资源与环境保护的法律、法规和标准，拟定水资源保护规划;组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制;监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力;提出限制排污总量的意见。
组织、指导水政监察和水行政执法;协调并仲裁部门间和市(地)间的水事纠纷。
拟定水利行业的经济调节措施;对水利资金的使用进行宏观调节;指导水利行业的供水、水电及多种经营工作;研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。
编制、审查综合利用的大中型水利工程的项目建议书、可行性研究报告和初步设计文件，并按国家规定的基本建设程序办理审批手续;组织重大水利科学研究和技术推广;组织实施水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范并监督实施。
组织、指导全省水利设施、水域及其岸线的管理与保护;组织指导主要江河、河口的治理和开发，负责海岸滩涂的围垦工作和海堤建设与管理工作;办理跨省河流协调事务;在职责范围内对全省水利建设工程进行管理。组织建设、指导和管理具有控制性的或跨市(地)的重要水利工程;组织、指导水库、电站大坝的安全监管。
指导农村水利工作;组织协调农田水利基本建设，指导乡镇供水和农村节水工作。
组织全省水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。
指导全省水利队伍的建设;负责全省水利方面的科技和外经、外事工作。
指导全省水利行业的水电工作，组织协调农村水电电气化工作。
承担福建省人民政府防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全省防洪工作，对主要江河和重要水利水电工程实施防汛抗旱调度。
承办省政府交办的其他事项。
机构设置
办公室(政策研究室)
主要职责:协助厅领导组织机关日常政务工作，对各处室工作进行综合协调;承办文秘档案、政务信息、保密保卫、重大会议组织、宣传和信访工作;负责机关内部规章制度建设、行政后勤工作;负责调查研究全省水利改革、发展、稳定的重大问题，研究提出本行业适应社会主义经济的有关政策建议。
水政水资源处(省节约用水办公室)
主要职责:负责拟定全省水利法制建设规划和地方性水法规、规章、规范文件;负责水法律、法规的组织实施和监督检查;实施指导全省水政监察和水行政执法工作，承办市(地)间和部门间水事纠纷协调的有关工作，承办水利厅行政诉讼、行政复议和普法教育工作;负责全省水资源统一规划、管理和保护工作;组织实施取水许可制度和水资源费征收制度，拟定地(市)间水量分配方案并组织实施;负责全省水资源公报编制工作;拟定水资源保护规划;组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，组织监测江河湖库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见，负责对入河排污口设置、改建、扩建的审查;拟定全省节约用水政策，编制全省节约用水规划，管理指导全省计划用水、节约用水，指导城市供水的水源规划。
水利管理处
主要职责:组织、指导全省水利设施、水域及其岸线的管理与保护;指导江河和水利枢纽工程防洪及安全运行管理;组织指导大中型水利枢纽工程除险加固、挖潜配套和技术改造;负责全省河道采砂管理工作;组织指导水库的安全监管;指导水利行业的供水管理。
农村电气化处
主要职责:指导水利行业的水电管理工作;组织协调全省农村水电电气化工作;组织指导水电站大坝的安全监管;对大中型水电站的选址、库容规划提出意见。
人事教育处
主要职责:负责厅机关、直属单位的机构设置、人员编制和组织人事管理、专业技术职务评聘、劳动力管理、劳动工资等工作，组织实施国家公务员制度;指导厅属中等专业学校和干部学校教育工作;指导全省水利行业职工队伍建设。
驻厅纪检组、监察室
主要职责:监督检查驻在部门及厅属单位的党组织、党员领导干部和监察对象贯彻执行党的路线、方针、政策、决议和国家法律、法规、决定、命令的情况;检查驻在部门党组织、党员和监察对象违反党纪、政纪的案件及所属系统的重要违纪案件，对案件处理提出意见，并按照党的隶属关系和干部管理权限作出有关决定和建议;协助驻在部门党组和行政领导抓好党风廉政建设和反腐败工作，提出有关政策、制度、管理等方面的对策和建议;受理违反党纪、政纪的控告、检举以及不服党纪、政纪处分的申诉;负责领导(指导)驻在部门及所属系统党的纪律检查工作和行政监察工作;完成省纪委、监察厅和驻在部门党组、行政领导委托、交办的其他任务。
省人民政府防汛抗旱指挥部办公室
主要职责:负责组织全省防汛抗旱工作，承办省人民政府防汛抗旱指挥部的日常工作;按照省人民政府防汛抗旱指挥部的指示，统一调控和调度汛限以上全省水利、水电设施的水量。
计划财务处
主要职责:负责组织拟订全省水利发展战略和中长期规划，拟定全省水中长期供求计划;组织制订全省主要江河的流域规划、区域规划和专项规划;承办省水利基本建设项目的项目建议书和可行性报告的编制、审查工作;编制全省水利基本建设投资计划和前期工作计划;拟定水利行业的经济调节措施，对水利资金使用进行宏观调节;提出有关水利的造价、价格、税收、信贷、财务等经济调节意见，指导全省水利系统财务和经济工作，负责全省水利固定资产的保值增值的管理监督;主管厅机关和厅属单位财务，承办水利综合统计。
水利建设处
主要职责:组织指导主要江河的治理与开发，组织具有控制性或跨地(市)的重点水利工程的建设和验收;审查大中型水利基本建设工程项目的初步设计文件，并按国家规定的基本建设程序办理报批手续;对全省水利工程建设进行管理;指导全省县(市)城区防洪排涝工程的建设。
农村水利处
主要职责:拟定全省农村水利的发展规划，负责指导全省农田水利、滩涂围垦、乡镇供水、人畜饮水和农村节约用水工作;对农村供水实行行业管理;负责拟定全省节水型水利发展目标和计划，组织实施节水灌溉，推广节水型水利技术，组织实施国务院安排的全国节水增产重点县和高标准节水增效示范片建设;负责全省初级水利化县规划组织实施和旱片治理工作;指导全省农村水利社会化服务体系(含乡镇水利工作站)建设，组织指导水利工程灌区的管理、更新改造和续建配套工作，指导冬春农田水利工程建设和产权制度的改革。
科技与外经处
主要职责:负责编制全省水利科学技术发展规划，组织重大水利科学研究和技术推广工作;组织评审、鉴定及奖励水利科研成果，主管科技情报和水利技术管理工作;管理全省水利行业质量技术监督与产品质量，负责水利行业技术质量标准和规程、规范的监督实施，管理水利系统对外经济技术合作和交流工作;负责办理水利方面涉外事宜。
厅直属机关党委会
主要职责:负责厅机关及在榕直属单位的党群工作。
离退休干部工作处
主要职责:贯彻党中央、国务院、省委、省政府有关离退休干部工作的方针、政策，并根据离退休干部统一管理、待遇分开的原则，具体拟定实施办法;2、负责离退休干部政治待遇和生活待遇的落实;3、负责离退休干部的思想政治工作;4、负责厅机关离退休干部的医疗保健、生活福利、休养和用车的管理服务; 5、负责组织离退休老同志开展健康有益、喜闻乐见的文体活动;6、配合厅直属机关党委加强离退休干部党支部的建设;7、有组织有领导地发挥离退休干部在社会主义三个文明建设中的作用;8、会同有关部门办理离退休干部的丧葬和善后处理事宜;9、负责对直属单位的离退休干部工作进行检查指导, 并转发和传达有关文件;10、承办厅领导交办的其他事项。
省水土保持委员会办公室
主要职责:负责省水土保持委员会的日常工作
职责调整
(一)取消已公布取消的行政审批事项。
(二)取消拟定水利行业经济调节措施和指导水利行业多种经营工作的职责。
(三)加强水资源的节约、保护和合理配置，保障城乡供水安全，促进水资源的可持续利用。加强防汛抗旱工作，减轻水旱灾害损失。
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